发酵生产是微生物最原始的应用和实践，在人类历史上具有重要意义。然而，由于缺乏分子证据，人类发酵生产的进化过程以及发酵微生物的进化和驯化历史尚不清楚。以最常见的两种发酵食品葡萄酒和发酵乳制品为例，介绍了发酵食品的考古学和发酵微生物的进化与驯化研究，以及古微生物学和发酵古微生物的研究现状，探讨了将微生物古DNA技术应用于古发酵微生物研究的可行性和难点，展示了古DNA捕获技术在该领域的应用潜力，为发酵微生物演化研究提供了新的思路和方法。